海洋開発研究機構が運用する日本最大の科学掘削船が「ちきゅう」である。2001年に建造が始まり2005年に完成した。三菱重工業がとりまとめと掘削部分の開発を行い、三井造船が船体部分を担当した。「ちきゅう」はいかりを使うことなく、強い風や潮の速い場所でも同じ場所にとどまり続ける「船位保持システム」を有する。「ちきゅう」は高さ70ｍのやぐらを有して、パイプをつないで海面下に伸ばし海底を掘削することができる。先端が回転するドリルパイプを覆うもう一つのパイプを有する「ライザー掘削システム」を有する。2014年には海底下3058ｍまでの到達を実現した。